本校校章の制定は，昭和25年2月11日である。
　楕円の枠と波形は，洋々と黒潮巡る屋久島を表し，その中心にそびえたつ屋久杉の大木がある。それをとりまく2本の若杉は，屋久島高校に学ぶ有為の青年に，屋久杉のように，すくすくと，大きく，たくましく育ってほしいという願望を表している。