工学部・理学部・農学部・医学部などの理系の大学への進学を目指す生徒向けに設置されており，理系の生徒はすべて理科コース生ということになります。

文系に比べて数学・理科を多く学習しますが，数学においては，生徒の進路希望に応じて習熟度による少人数指導をきめ細かに行っています。理科は化学と物理・生物（いずれかを選択）の２科目を学習することになり，理系大学への進学に向けて個別指導も充実しています。