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本校は，「東洋の海に浮かび輝く一個の真珠」と形容される，県最南端に位置する与論島に，町民の方々の切なる願いの下，昭和42年に県立大島高等学校与論分校として開校しました。
昭和46年には県立与論高等学校として独立し，これを機に校章や校歌などが制定されました。
平成12年には与論町立与論中学校との連携型中高一貫教育校の指定を受け，新たな歩みを刻みながら一島一校の高等学校として，その役割を着実に担ってまいりました。
令和となった新しい時代においても，「好学・創造・親和・不屈」の校訓の下，良き伝統と爽やかで落ち着いた校風を継承しています。

令和２年度からは「予測が困難な時代を主体的に生き抜く力をもった生徒を育成する」を重点目標に掲げ，教育活動の改善・充実を図っています。

変化が激しいこれからの時代を生き抜く若者には，よりよい未来や新たな価値の創造に向けて，自ら課題を発見し，知識や情報を活用しながら，多様な人々と協働して取り組んでいく力がより一層求められます。

本校はこれからも地域との連携・協働を図りながら，魅力ある高校教育を追求し，新たな時代の創り手に必要とされる資質・能力の育成に努めてまいります。